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책임운영기관제도와 국립연구기관 발전방안

등록일   :   2026.08.31

조회수   :   3

카테고리   :   2026년 K-Insight 15호

책임운영기관제도와 국립연구기관 발전방안



책임운영기관은 정부부처의 집행적·사업적 기능 중 전문성, 공공성, 성과관리가 중요한 업무를 분리하여 기관 운영의 자율성과 독립성을 보장하고, 그 결과에 대해 책임을 부여하는 제도이다. 기관장은 조직·인사·재정 운영에서 일반 소속기관보다 폭넓은 권한을 가지며, 예산 전용, 초과수입금 활용, 자체 훈령에 따른 조직관리 등이 가능하다. 2024년 기준 (소속)책임운영기관은 연구형, 의료형, 문화형 등 47개 기관으로 구성되며, 국립연구기관과 의료기관이 주요 유형을 차지한다. 본 고에서는 기관 고유사업의 안정적 추진과 재정 자율성 강화라는 측면에서 국립연구기관의 책임운영기관제도의 발전방안을 살펴보고자 한다.

- ()날리지웍스 박성준 파트너




1. 검토배경

정부는 일부 국립연구기관, 의료기관, 조사·품질관리기관 등을 책임운영기관으로 지정*하여 기관 운영의 자율성과 성과책임을 강화하고 있다. 책임운영기관 제도는 전문성이 있거나 경쟁원리의 적용이 가능한 사무를 수행하는 기관에 대해 조직·인사·재정 운영의 자율성을 부여하는 대신, 운영성과에 대한 책임을 명확히 하는 제도이다.

    * 1999책임운영기관의 설치·운영에 관한 법률제정 후 2000년부터 책임운영기관이 지정되어 운영됨

 

기존의 일반 소속기관은 중앙행정기관 본부의 지휘·통제 아래 인사, 조직, 예산 운영이 일률적으로 관리되는 경향이 있다. 반면 책임운영기관은 기관장에게 일정한 관리권한을 부여하고, 그 결과에 대한 성과책임을 기관장이 부담하도록 설계되어 있다. 이러한 점에서 책임운영기관 제도는 행정 효율성 제고, 공공서비스 품질 향상, 기관 고유사업의 성과관리 강화라는 측면에서 중요한 의미를 가진다. 최근에는 이러한 책임운영기관의 자율성을 더욱 확대하고 성과관리를 강화하기 위한 노력이 진행 중이다.

   * 행정안전부는 ’24년 관련 법안 개정을 통해 임시 정원 운용 등 자율성을 확대하고, 임기제 비율 규제 (기존 80% 이하 폐지)를 완화하는 등 제도를 개선함

 

특히, 국립연구기관의 경우 장기적 연구 수행, 전문인력 확보, 연구 인프라 유지, 성과 확산 등이 중요하므로 일반 행정기관과 동일한 방식의 통제 중심 운영만으로는 기관 고유의 연구역량을 충분히 발휘하기 어렵다. 이에 따라 일부 국립연구기관은 책임운영기관으로 지정되어 자율성과 책임성을 동시에 확보하는 방식으로 운영되고 있다. 본 고는 책임운영기관 제도의 개념, 현황, 운영 특성, 설치 절차, 회계 구조 및 평가체계를 정리하고, 국립연구기관 운영 관점에서의 시사점을 도출해 보고자 한다.



...................(계속) 

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